本校之主要任務為培養空軍之飛行及技勤軍官，早期以招收四年制正期學生為主，並施予通才教育；因此，學生進校後並未分系，三年級時依專長員額分為航空機械、通訊電子及防砲等三組，教師則根據授課領域及其專長分為航空、機械、電子、數理、外文、社會科學等科別。本系之前身為民國四十九年所成立之電子科，後來為因應科技之發展與時代潮流之變遷，本校於民國八十二年起，整體規劃學制與教學內容，正期班學生自八十六年班(八十二年九月入學)起，於二年級開始實施專業分組，計分成航空工程組、電子工程組、兵器工程組、及資訊管理組，以實施完整之四年大學教育，使本校之教育方針由通才教育轉型為專才教育。為了提升學生之專業能力，學校自九十二年班(民國八十八年入學)開始，將學生分成航空太空工程、航空機械工程、航空電子工程及航空管理等四個工程學系，使專業分流，落實專業教學，讓畢業學生能具有足夠之科技學識，以滿足畢業後之專業需求，本系亦自民國八十九年起由電子工程學系更名為航空電子工程學系。
民國18年於南京成立航空班>民國21年於杭州筧橋成立中央航空學校>民國27年於杭州筧橋成立空軍軍官學校>民國38年於岡山成立空軍軍官學校>民國49年於岡山成立電子科>民國89年於岡山成立航空電子系。
新一代戰機之操控以航空電子設備為主，為符合國軍用人需求及校務發展計畫，本系以航空電子為主架構，涵蓋飛航資訊、射控導航、空用通訊及飛行控制之專業知識養成為發展重點，使教育方針與國防需求相結合。本系有關『航空電子』之專業課程包含了『通訊』、『電子電路』、『光電』、『計算機』及『控制』等五大模組，以培育學生具備基礎工程理論及專業航空電子之相關知識，並藉由課程之設計、學術研討會與學術講座之舉辦、及實驗實習之機會，以將教育目標與核心能力反映在教學與學習之活動中。
航空電子可應用於飛航資訊、空用通訊、飛行控制、射控導航。
特色：
- 依循學校與本系之教育目標與核心能力，課程架構兼顧基礎軍事課程、通識課程、基礎理工必修課程、以及航空電子專業課程，以培養具有專業之科技智能與軍事素養之現代化空軍軍官。
- 規劃完整之航空電子相關之基礎必修課程與專業選修課程，以培養學生具備航空電子相關之專業知識。
- 專業課程之執行兼顧理論與實務之結合，並配合本校特有之各項實務設施，提升學生對各項專業實務之理解。
- 校內各單位如飛行模擬機室、飛安中心、通航分隊、漢翔公司(飛機修護)、電子裝備工廠、航管塔台等，提供學生學習之機會。
- 學校具飛行訓練指揮部、漢翔公司(飛機修護)、機場、及軍機展示等，為全國唯一可提供現役及退役之航電設備之學校，讓學生驗證所學。
- 於暑修課程期間，學校總教官室安排學生到軍事單位參訪，讓學生對航電修護、航管、與飛航作業有實務之瞭解。
- 小班制教學，一班之人數上限以28人為原則，能有效提高大學教育之教學品質，增加學生之學習成效。
本系經財團法人高等教育評鑑中心基金會 「105年度大學院校系所評鑑認可審議委員會」通過認可 (有效期限：2017年~2022年)
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本系經財團法人高等教育評鑑中心基金會「105年度大學院校系所評鑑認可審議委員會」通過認可證書(有效期限：2017年~2022年)
